Спеціальний секретний фонд сформувався у 1937-1939 рр., коли НКВС конфіскував цілий ряд «небезпечних» мистецьких творів, з метою їх знищення. У зв'язку з початком Другої Світової Війни і окремих зусиль музейних працівників, колекція продовжувала існувати, хоча багато робіт були загублені під час війни. Картини були таємно збережені в складському приміщенні музею. Крім НКВС, тільки директор і головний завідувач музею знали про існування цієї колекції. Через хороші температурні умови комори, матеріали добре збереглися. Працівники музею навіть підготували каталог цієї колекції в 1940-х роках, з метою знищення, але, на щастя, цього не сталося.