Кестонський інститут спочатку був заснований як Центр вивчення релігії та комунізму з місією поширення здобутої інформації про стан релігійної свободи в комуністичних країнах. Після перейменування Кестонського інституту в 1971 році, функціонування організації зосередилось довкола нових надбань та утримання архіву.