За ініціативи Надії Світличної та Миколи Плахотнюка відразу після незалежності 1991 року, створено громадську організацію під назвою «Музей Шістдесятництва» з чітким наміром збирати матеріали, які в кінцевому підсумку будуть представлені в музеї-архіві. Члени НДО, чимало з яких були шістдесятниками, почали збір матеріалів про видатних членів руху. Світлична пообіцяла відправити свій громісткий архів до музею, а Плахотнюк почав збирати матеріали в Києві та в інших містах України. М. Плахотнюк очолив організацію з моменту відкриття музею в 2012 році аж до своєї смерті в 2015 році. Інші шістдесятники на різних етапах були залучені до розвитку проекту, серед них: Галина Возна-Кушнір, яка коротко очолювала НДО перед тим, як передати кермо влади Плахотнюку. Вона та багато інших шістдесятників пожертвували самвидавчі матеріали, володіючи копіями текстів, які поширювались в тому часі в Україні. Матеріали збігаються, однак в музеї збереглося багато дублікатів, адже вони друкувалися на різних друкарських машинах, кожен з творців трохи імпровізував, тому органи КДБ точно знали, хто й які матеріали друкував.